金門基督教會在地區傳道已逾一世紀，創始於西元1900年，即民國前十一年(清光緒二十五年)，當時是黃和成等幾位牧師奉閩南中華基督教會之遣派來金傳教，創立「金門中華基督教會，1922年教會正式成立，舊教堂不敷使用，遂發動籌建新教堂，1924年基督會教堂終於落成．
教會牧師樓係建於1934年，為磚造二層樓房，在早期算是城區較大的建物，因此在日據時代被日軍佔用，國軍來金門後又被金防部軍醫單位佔用，五十年代由調查處借用，至民國六十年始歸還教會．
金門基督教會以傳道為主，並積極推展教育，在前清期間創辦過逢源、培德男女兩間學校，1939年兩校合併，改名為培德小學，1950年奉令合併於示範中心小學後教會始未再辦理學校教育，從此專注於傳道工作．
2003年，基督教會堂與牧師樓經文化局登錄為歷史建築，但因年久失修，屋頂樑木腐朽，決定拆除重建，並以籌五百萬元為目標，終於在民國2006年六月破土動工，曆時一年完工，為現在所現的地上三樓建築．